EDSaN, l’entrepôt de données de santé « made in Normandie »

Depuis que le numérique s’est imposé comme la colonne vertébrale de l’hôpital, de nouvelles structures voient régulièrement le jour pour poursuivre et enrichir cette dynamique. C’est notamment le cas des Entrepôts de Données de Santé (EDS), qui se multiplient dans tout le pays. Permettant la collection, l’intégration et le traitement des données de santé produites par les outils métier, ils sont plus particulièrement destinés à appuyer les projets de recherche, mais ils peuvent également participer à l’optimisation organisationnelle de l’établissement, voire de l’offre de santé territoriale. À Rouen, les équipes du CHU ont développé leur propre EDS, intitulé Entrepôt de Données de Santé Normand (EDSaN). « Cette base de données centralisée permet d’agréger un maximum d’informations disponibles sur les patients, quelle que soit l’application source », explique le Professeur Stéfan Darmoni, chef du service Département d'Informatique et d'Information Médicales (D2IM) du CHU Rouen Normandie.
 

Lancé en octobre 2020, l’outil recense aujourd’hui plus de 250 cas d’usages, répartis entre les différents services du CHU. « En général, les professionnels qui ont essayé EDSaN reviennent pour continuer à l’utiliser dans leurs travaux », sourit le Pr Darmoni. Optimisation des inclusions et des études de faisabilité des essais cliniques, création de registres et de cohortes, amélioration du codage PMSI, détection de profils de santé particuliers, développement d’outils de détection d’événements liés à la vigilance, renforcement de la prise en compte des indicateurs de qualité, conception et évaluation d’algorithmes d’aide à la décision… Les champs d’applications des entrepôts de données de santé sont habituellement variés. La structure normande ne fait pas exception à la règle. « Créé pour la recherche, EDSaN est également utilisé à des fins de prévention. Lorsque la Haute Autorité de Santé a publié la liste des critères prioritaires pour la vaccination contre le Covid-19, par exemple, nous avons pu rapidement identifier 6 000 patients qui y répondaient », se souvient le chef de service.  
 

Dans ce cas précis comme pour les autres projets s’appuyant sur EDSaN, l’intérêt principal réside en effet dans la possibilité d’interroger rapidement la base de données, en croisant les informations pour affiner la sélection des patients. Une prouesse technique qui fait écho aux travaux menés depuis plusieurs décennies par les équipes du CHU Rouen Normandie, pour développer des moteurs de recherche sémantique. Fort de ses racines historiques, EDSaN s’accompagne ainsi de tout un panel d’outils complémentaires mais résolument innovants, qui vont du portail terminologique HeTOP à l’Extracteur de Concepts Multi-Terminologique (ECMT), en passant par l’application de consultation des résultats EDSaN-Consult et l’application de recherche EDSaN-Query. Véritable pierre angulaire du système, cette dernière ouvre l’accès aux différents outils de recherche modulaires, qui chacun concerne une typologie spécifique de données : le module Doc’EDS porte par exemple sur les documents textuels, le module PMSI sur les diagnostics et actes codés par le DIM (département d’informatique médicale), le module DM sur les Dispositifs Médicaux, le module Biologie sur les analyses biologiques, ou encore le module Pharma sur l’information médicamenteuse. « Des fonctions statistiques sont également mises à disposition », précise le Pr Stéfan Darmoni, décrivant en outre des possibilités d’analyse sémantique, des moteurs d’extraction des données et des fonctions d’export des résultats.
 

Destiné à tous les professionnels du CHU Rouen Normandie, EDSaN n’est toutefois accessible que depuis les bureaux du Département d'Informatique et d'Information Médicales. Particulièrement utilisé par les internes et les étudiants lors de la rédaction de leurs thèses et mémoires, l’outil ne leur est ainsi ouvert qu’après acceptation de leur requête par les chefs de service concernés, ainsi que par un comité scientifique et éthique. Ce dernier, qui est composé d’une vingtaine de membres, médecins, pharmaciens, biostatisticiens et informaticiens, s’assure « de la validité scientifique de chaque demande, mais aussi du fait que l’étude respecte tous les critères d’éthique médicale et professionnelle et ne constitue pas un danger pour la sécurité des données des patients, poursuit le responsable. Une fois qu’un avis positif a été obtenu, le Département d’Informatique et d’Information Médicales accompagne le porteur de la demande dans l’accès aux données ».

Des procédures certes strictes, mais nécessaires pour protéger les données de santé stockées dans EDSaN. En effet, depuis le 19 octobre 2020, et l’obtention de l’autorisation de la CNIL (Commission Nationale de l’Informatique et des Libertés), toutes les données de santé des patients pris en charge par le CHU sont intégrées à l’entrepôt, sauf opposition. L’accès à EDSaN est donc particulièrement protégé : les données ne sont pas transférables hors du CHU, et toute connexion est contrôlée et tracée. « Les données sont également nativement dé-identifiées, et ce dès le compte-rendu médical », ajoute le Pr Stéfan Darmoni qui insiste : « Nous faisons particulièrement attention avec les informations cliniques des patients ».

Toujours est-il que ces données dé-identifiées permettent un vaste choix d’applications, qui continue de s’élargir. Le système est en effet en amélioration perpétuelle, et pourrait à terme être également utilisé dans le cadre de partenariats avec le secteur privé, « mais de façon ponctuelle et encore non définie », précise le chef de service. En attendant, les équipes du CHU poursuivent leurs travaux en lien avec le Health Data Hub, la plateforme de données de santé nationale, s’attachant même à adapter leurs outils pour pouvoir créer un entrepôt de données de santé dédié à la médecine de ville.

Article publié dans l'édition de mai 2022 d'Hospitalia à lire ici.

 

Le référentiel sur les entrepôts de données de santé de la CNIL

La Commission nationale de l'informatique et des libertés (CNIL) a adopté en novembre dernier un nouveau référentiel sur les entrepôts de données de santé. Issus de la consultation publique lancée en mars 2021, ces travaux ont pour but de « simplifier les démarches pour les responsables de ces bases de données sensibles, tout en fournissant un encadrement juridique et technique rigoureux », indique la commission. D’une quinzaine de pages, le document offre, aux organismes voulant mettre en œuvre un entrepôt de données, de ne pas solliciter d’autorisation préalable auprès de la CNIL. En effet, après vérification de la conformité par rapport au référentiel, l’organisme peut passer par une déclaration de conformité, en déposant un dossier directement sur le site de la CNIL. « Concernant les entrepôts de données de santé qui ne répondent pas aux critères du référentiel, les organismes doivent solliciter la CNIL afin d’obtenir une autorisation individuelle préalablement à la mise en œuvre de leur entrepôt », précise tout de même la commission. Et pour les entrepôts qui ne seraient pas conformes de façon délibérée sur un point particulier, la CNIL prévoit de délivrer des autorisations de traitements, mais conseille à l’organisme qui sollicite l’autorisation « d’inclure dans son dossier un document au sein duquel il met en avant et justifie les écarts par rapport au référentiel ».

> Télécharger le référentiel sur : https://www.cnil.fr/sites/default/files/atoms/files/referentiel_entrepot.pdf